Либеральные преобразования затронули Русскую православную церковь. В 1862 году правительство создало Особое присутствие для улучшения материального положения священников, куда вошли члены Синода и высшие госдолжности. В 1864 году появились приходские попечительства, состоящие из прихожан, которые помогали священнослужителям. В 1869-1879 годах доходы священников увеличились благодаря ликвидации мелких приходов и установлению годового жалованья. Также были введены пенсии для священников по старости.
Реформа просвещения коснулась духовных учебных заведений: выпускники семинарий с 1863 года получили право обучаться в университетах, а с 1866 года детям духовенства разрешили поступать в гимназии и военные училища. Эти меры способствовали демократическому обновлению духовенства, хотя также привели к уходу многих молодых людей в интеллигенцию.
В 1860-70-х годах Русская православная церковь активно действовала в Персии, Иерусалиме, Северной Америке и других странах, с выдающейся миссией в Японии под управлением архиепископа Николая (Касаткина).
Старообрядцев признали в 1860-х: им разрешили регистрировать браки и заниматься определёнными общественными должностями, однако в официальных документах их продолжали называть раскольниками, и многие должности им оставались закрытыми.
Важным событием стало издание в 1876 году Синодального перевода Библии, подготовленного с благословения Святейшего Синода. Эта работа началась ещё при Александре I, и текст стал доступным для широких слоёв общества.