Либеральные реформы Александра II затронули Русскую православную церковь. В 1862 году было создано Особое присутствие для улучшения финансов священников. В 1864 году возникли приходские попечительства, помогающие священнослужителям. Доходы священников увеличились благодаря ликвидации мелких приходов и введению жалования с 1869 по 1879 годы, а также пенсий по старости.
Духовные учебные заведения изменились: с 1863 года выпускники семинарий могли поступать в университеты, а с 1866 года дети духовенства получили возможность обучаться в гимназиях и военных училищах. Это способствовало демократизации духовенства, но также привело к уходу молодежи в интеллигенцию.
Русская православная церковь также расширила своё влияние за границей, активно проводя миссионерскую работу в Персии, Иерусалиме, Северной Америке и Японии. В 1860-е годы старообрядцы получили признание, им разрешили регистрировать браки и занимать некоторые общественные должности, хотя ограничения сохранялись.
Синодальный перевод Библии, изданный в 1876 году, сделал текст доступным для широкой аудитории, что стало важным событием для церкви.