После Смуты церковь столкнулась с серьезными испытаниями. Патриарх Игнатий и часть духовенства поддержали Лжедмитрия I, однако большинство священнослужителей проявили преданность отечеству. Польская интервенция привела к разграблению церквей, уничтожению и осквернению святынь, а также к убийствам священников и пленению, среди которых оказался митрополит Филарет.
После возвращения из польского плена в 1619 году Филарет был избран новым патриархом и значительно повысил роль церкви в государстве. Его влияние было так велико, что он фактически стал вторым правителем, совместно с царем Михаилом Фёдоровичем решая государственные дела. Несмотря на это, многие церковные проблемы оставались нерешенными как при нем, так и при его преемниках.