Для решения задачи определим, где имеются пунктуационные ошибки, а где их нет. Проанализируем каждое из предложений:
Она знала, что очки, особенно дымчатые, идут ей.
- В этом предложении запятая перед "что" не нужна, так как это придаточное предложение. Запятая после "очки" верна, так как поясняет, какие именно очки. Поэтому здесь ошибка.
Там, в глубине одного из небольших дворов мы облюбовали крошечный флигелек в три комнаты.
- Не хватает запятой перед "мы", так как это вводная конструкция. Поэтому здесь ошибка.
Медленно по-черепашьи ползли вправо стрелки температуры и радиации в активной зоне.
- Предложение корректное, ошибок нет.
Совсем недавно, а именно две недели назад, он вернулся домой.
- Запятые в предложении расставлены верно, уточняющая часть выделена правильно. Ошибок нет.
Дорога была только одна, и притом широкая и обставленная вехами, так что сбиться было невозможно.
- Запятая перед "так что" не нужна, так как это сложносочиненное предложение, и последняя часть не требует выделения. Ошибка есть.
Я глядел во все стороны, ожидая увидеть грозные бастионы, но ничего не видел кроме деревушки, окруженной бревенчатым забором.
- Отсутствует запятая перед "кроме", так как эта часть предложения требует другой структуры. Поэтому здесь есть ошибка.
Таким образом, предложения без пунктуационных ошибок — это:
3, 4
Ответ: 3, 4.