Чтобы расставить знаки препинания и выделить обособленные дополнения, рассмотрим каждое предложение отдельно:
Общий сбор полка был назначен в десять часов, но ни одному ротному командиру, за исключением Стельковского, не пришла в голову мысль дать людям выспаться и отдохнуть перед смотром.
Обособленные дополнения: за исключением Стельковского.Лекарь, второпях, вместо двенадцати капель налил целых сорок.
Обособленные дополнения: второпях.Большинство солдат, кроме дежурных, спало, как ранее приказал Акимов.
Обособленные дополнения: кроме дежурных.Площадь всех природных льдов на нашей планете, включая область расположения айсбергов и разреженных льдин, составляет в среднем сто миллионов квадратных километров.
Обособленные дополнения: включая область расположения айсбергов и разреженных льдин.Я глядел во все стороны, ожидая увидеть грозные бастионы, башни и вал, но ничего не видел, кроме деревушки, окружённой бревенчатым забором.
Обособленные дополнения: кроме деревушки, окружённой бревенчатым забором.Книга нашла пути к сердцам читателей, потому что, помимо своих художественных достоинств, она сурово-правдива.
Обособленные дополнения: помимо своих художественных достоинств.Ужинали в кухне вместе со всеми рабочими, и пища была обильна.
Обособленные дополнения: вместе со всеми рабочими.
Вот итоговое исправление с выделенными обособленными дополнениями. Если у вас есть дополнительные вопросы или нужно объяснение по какому-то моменту, пожалуйста, дайте знать!