Для правильной пунктуации предложения нужно вставить запятые в следующие места:
В синей курточке с матросскими пуговицами (1), в кепи (2), на котором было вышито "Нептун" - так назывался пароход (3), - он стоял на лесенке (4), небрежно поглядывая на пассажиров (5), и ничто больше не занимало меня - ни таинственный капитан (6), он же рулевой (7), бородатая морда (8), которого виднелась в будке над рулём (9), ни грозное пыхтение машины (10), потому что Минька поразил меня (11), и я не сводил с него глаз всю дорогу.
После вставки запятых предложение будет выглядеть правильно и легче читаться. Теперь разные элементы предложения разделяются правильно, что помогает понять структуру и логику.