Для правильного постановки запятых в двух предложениях нужно учитывать два независимых члена предложения, которые можно разделить запятой.
Предложение: "Лес пахнет хвоей и прелой листвой и убаюкивает нас шумом ветра в кронах."
Нужно поставить запятую после слова "листвой": "Лес пахнет хвоей и прелой листвой, и убаюкивает нас шумом ветра в кронах."Предложение: "Туман постепенно окутал не только старый причал но и весь город."
Нужно поставить запятую после слова "причал": "Туман постепенно окутал не только старый причал, но и весь город."
Таким образом, номера предложений, в которых нужно поставить одну запятую, это 1 и 2.