Данное предложение образует сложное синтаксическое целое с несколькими вложенными элементами. Давай разберем его по частям:
Любуясь покровом на нерли - вводное деепричастие, выражающее одновременное действие, которое совершается вместе с действием сказуемого. В данном случае, кто-то любуется чем-то.
думаешь об истории храма - обособленное дополнение к подлежащему (тебе). Здесь рассматривается действие размышления о чем-то.
о веках, пролетевших над его стенами - предложение с зависимым обстоятельством времени. Веки как бы пролетают над стенами храма, что может символизировать давность времени и непрерывность истории, связанной с храмом.
Таким образом, данное предложение олицетворяет мгновение, когда человек, любуясь природой или каким-то видением, начинает размышлять о прошлом, о предыдущих эпохах, которые оставили свой отпечаток на данном объекте.
Для более полного понимания контекста исходного текста, рекомендуется обращаться к остальной части текста или к общему смыслу произведения, в котором данное предложение встречается, чтобы лучше оценить его значение и роль в тексте.