Чтобы найти предложения, в которых запятая ставится в соответствии с одним и тем же правилом пунктуации, нужно проанализировать каждое предложение и выявить, какие из них отделяют одинаковые конструкции.
Посмотрим на каждое предложение:
(1) Здесь запятая используется для отделения причастного оборота после "музей-заповедник".
(2) Запятая отделяет однородные члены предложения (равнины, склоны, поймы).
(3) Запятая отделяет придаточную часть в сложноподчинённом предложении: «...называемых дивами, от слова "диво"».
(4) Запятая отделяет придаточную часть в сложноподчинённом предложении: «Как сформировались дивы, неясно...».
(5) Здесь запятая перед «из-за» отделяет причастный оборот.
(6) Запятая используется для отделения причастного оборота и союзов соединяющих однородные части: «появившийся ещё в XVII в.» и «и пещерные меловые церкви».
(7) Запятая отделяет приложение (служит уточнением).
(8) Запятая используется перед перечислением после двоеточия.
(9) Запятая отделяет часть сложного предложения: «Есть другая версия: укрепление было оборонительным пунктом...».
Анализируя предложения, можно видеть, что запятая в предложениях (3) и (4) используется для отделения придаточных частей в сложноподчинённых предложениях.
Ответ: 3, 4.