Данная задача относится к правописанию постановочного предложения, а именно к предложениям, в которых подлежащее выражено существительным во множественном числе.
В данном случае верным будет вариант "МФЦ приняло". Почему? Потому что "МФЦ" является сокращением от "Многофункциональный Центр" и, как таковое, оно считается среднегородским именем собирательным, выражающим множественное понятие. В таких случаях глагол стоит в единственном числе, как если бы в предложении было сказано "Многофункциональный Центр принял".
Таким образом, верный вариант — "МФЦ приняло".