Для замены прямой речи на косвенную в данном предложении, "поезда, матушка", сказал отец Марье Ивановне, нам необходимо перевести высказывание отца косвенной речью.
Прежде всего, мы должны поменять местами подлежащее и сказуемое, а также внести соответствующие изменения в интонацию и структуру предложения. Также для правильного перевода необходимо учитывать, что в косвенной речи могут изменяться времена глаголов и местоимения.
Итак, прямая речь "поезда, матушка" может быть заменена на косвенную следующим образом: Отец сказал Марье Ивановне, что поезда - его (или её) матушка.
Таким образом, в косвенной речи учитывается употребление соответствующих местоимений и изменение структуры предложения с сохранением смысла высказывания отца.