Рассмотрим каждое предложение и определим, в каком из них есть средство выразительности речи — метафора.
"Всё ушло навсегда - хорошее и плохое, - плохое не жалко, а хорошего не вернёшь."
Это описание потери, но прямых образных сравнений или метафор нет. Это скорее просто глубокое рассуждение о завершенности."Надо помнить о том, что день и ночь на земле работают реакторы и фазотроны, что одна счётная машина действует быстрее миллиона колхозных счетоводов."
Здесь используются фантастические образные выражения ("работают реакторы и фазотроны"), но это скорее гипербола или научно-фантастические метафоры, однако не являются традиционной метафорой."Я вытравлю из сердца это прошлое, никогда больше не вернусь к нему."
В этом предложении есть метафора: "вытравлю из сердца". Сердце — это метафора чувств или памяти, а "вытравить" — образное выражение, передающее идею полного избавления от прошлых воспоминаний."Нижние ветки берёзы обрублены, чтобы не заслонять окошки зимней избы."
Это описание действий с природой, прямое описание без метафор.
Ответ:
Предложение под номером 3. — "Я вытравлю из сердца это прошлое, никогда больше не вернусь к нему." — в этом предложении есть метафора, так как "вытравлю из сердца" переносит действие из буквального контекста на образное выражение избавления от прошлого.