Данная фраза содержит тавтологию, потому что повторяется идея о важности того, как написаны слова и то, что они были написаны.
Исправленный вариант может звучать так:
"Не важно, как написаны слова, главное — чтобы они были написаны."
Или более лаконично:
"Не важно, как написаны слова, главное — чтобы они были написаны правильно."
Если вы хотите оставить мысль о важности их написания, можно сформулировать так:
"Главное — чтобы слова были написаны, независимо от их вида."
Если есть предпочтения по стилю или длине, скажите — я подберу больше вариантов!