В предложении нужны запятые в следующих местах:
Он бежал долго (1) и (2), когда оглянулся, (3), то увидал, (4) что на полях растут не травы и цветы, а письменные знаки (По В. Дорошевичу).
Объяснение:
Перед союзом «и», соединяющим два однородных сказуемых («бежал долго» и «когда оглянулся»), ставится запятая, так как вторая часть — придаточное придаточной части, вводится союзом «когда».
После слова «оглянулся», так как далее следует придаточное предложение «когда оглянулся, то увидал, что на полях растут…», перед ним ставится запятая.
Перед словом «то» после вводного оборота «когда оглянулся», — в сложноподчинённом предложении с частицы «то» — запятая не обязательна, так как в русском языке в таких случаях запятая может ставиться по желанию, но предпочтительно для ясности — ставим.
Перед придаточным «что на полях растут не травы и цветы, а письменные знаки» — запятая, так как это придаточное изъяснительное.
Итоговая версия с расставленными знаками:
Он бежал долго, и, когда оглянулся, то увидал, что на полях растут не травы и цветы, а письменные знаки (По В. Дорошевичу).