Здравствуйте! Давайте разобьём предложения на части (подлежащие и сказуемые), чтобы понять их структуру.
Вот исходное предложение:
"В Российской Федерации на конец 2011 год насчитывалось более 13 тысяч особо охраняемых природных территорий федерального, регионального и местного значения, общая площадь которых составляет 211 миллионов гектаров, а площадь сухопутной территории с внутренними водоемами по-другому не можно назвать суша — составляет 200,4 миллионов гектаров или 11,7% от площади России."
Разобьём его на части:
Первая часть:
Предложение:
"В Российской Федерации на конец 2011 год насчитывалось более 13 тысяч особо охраняемых природных территорий федерального, регионального и местного значения"
Подлежащее:
"более 13 тысяч особо охраняемых природных территорий федерального, регионального и местного значения"
(это группа слов, отвечающая на вопрос "что?", — это главные слова подлежащего)
Сказуемое:
"насчитывалось"
(отглагольное сказуемое в прошедшем времени, глагол-связка, указывающий на состояние)
Вторая часть:
Предложение:
"общая площадь которых составляет 211 миллионов гектаров"
Подлежащее:
"общая площадь"
(что составляет — слово "площадь" в качестве подлежащего)
Сказуемое:
"составляет"
(глагол-сказуемое в настоящем времени)
Дополнение (относительное предложение):
"которых" — относится к "площадь", указывает, что "площадь" упростили — "которых" — относительное местоимение
Третья часть:
Предложение:
"а площадь сухопутной территории с внутренними водоемами по-другому не можно назвать суша"
Подлежащее:
"площадь сухопутной территории с внутренними водоемами"
(что нельзя назвать — подлежащее)
Сказуемое:
"не можно назвать"
(сложное сказуемое, глагол-сказуемое в выражении отрицательной формы)
Четвёртая часть:
Предложение:
"составляет 200,4 миллионов гектаров или 11,7% от площади России."
Подлежащее:
"составляет" — фактически, по смыслу, подлежащее — "площадь" или "она" (здесь скрыто), — однако в существительном виде — "площадь" или "она"
Сказуемое:
"составляет"
Если нужно, я могу оформить это более кратко и наглядно в виде таблицы. Хотите?