Установите нуклеотидную последовательность участка тмРНК который синтезируется на данном пропледе. Найдите на данном участке комплементарные участки и установите вторичную…

Давайте разберёмся с задачей поэтапно, чтобы понять последовательность тмРНК, а также её структурные особенности и кодирующие участки.

Исходные данные:

Две цепи ДНК (нижняя цепь — матричная):

• Верхняя цепь (продевающая) — 5'-тацттаагцтгцацттаа гатгцааццтгцттцт-3'
• Нижняя цепь — 3'-атгааттцгацгтгааттцтацгттггацгаага-5'

Но в задаче сказано, что это нижняя цепь, которая матричная. Тогда, чтобы найти последовательность тмРНК, нужно взять комплементарную к этой цепи цепочку (с учётом транскрипции).

---

Шаг 1: Определить последовательность матричной цепи ДНК

Нам дана нижняя цепь:

3'-атгааттцгацгтгааттцтацгттггацгаага-5'

Эта цепь — матричная. Значит, тмРНК синтезируется на её основе и будет комплементарной ей по парам.

---

Шаг 2: Определить последовательность тмРНК

Для этого нужно найти комплементарную цепь к ДНК, следуя правилам:

• A (аденин) — соединяет с U (урацилом) в тмРНК
• T (тимин) — с А
• C (цитозин) — с G (гуанином)
• G (гуанин) — с C (цитозином)

Итак, последовательность из матричной цепи:

3'-атгааттцгацгтгааттцтацгттггацгаага-5'

переведём в последовательность читаемого направления (от 5'-конд 3'-), и найдём комплементарную.

Обратим цепь на правильный порядок (от 5' к 3'): Читая в направлении от 5'-к 3', получим её последовательность, меняя только порядок.

Первая: 5' - гагнгаатацггчтггцataa-аас з -3'
Но лучше просто взять изначальную цепь и построить комплементарную.

Шаг 3: Построение цепи тмРНК

Матричная цепь:

3'-атгааттцгацгтгааттцтацгттггацгаага-5'

Комплементарная (тмРНК) будет:

Пара по правилам:

ДНК (нижняя цепь)	ТмРНК
3'-а	5'-u
т	a
г	c
а	u
а	u
т	a
т	a
ц	g
г	c
а	u
ц	g
г	c
т	a
г	c
а	u
а	u
т	a
т	a
ц	g
тава	u
ц	g
г	c
т	a
т	a
г	c
г	c
а	u

Посколько цепь читается с 3'-конца (ведущего) в 5'-направление, то для последовательности мРНК, которая обычно синтезируется с 5'-на 3'-конец, мы возьмем комплементарную цепь в обратном порядке.

Итак, последовательность тмРНК, соответствующая исходной ДНК, будет:

5'-ucaguuaaugcauggaauuagcaaaug-3'

(следуя последовательности, взятой из исходной цепи и меняя T на U).

---

Шаг 4: Комплементарные участки и структура тмРНК

• Внутри тмРНК возможна образование вторичных структур — стебельков, шпилек, которые обусловлены парными участками внутри молекулы.

Если взять участок, например, последовательность:

ucaguuaaugcauggaauuagcaaaug

можем найти участки, которые могут образовать стебельки или шпильки, основываясь на комплементарных парах внутри одной цепи.

Например, последовательные участки:

• ucagu и caug (по сути, парные участки, инициирующие вторичную структуру).

---

Шаг 5: Определение стартовой точки начала открытой рамки считывания

На данной тмРНК рамка считывания начинается с АТОМа (начальной кодон). Бывают три возможных стартовые кодона, но обычно это АUG.

Посмотрим последовательность:

5'-ucaguuaaugcauggaauuagcaaaug-3'

В первом возможном месте есть aug (метионин), что является началом, значит, открытая рамка начнется с первого aug — положения:

• начинаем с a в последовательности, ищем aug.

В нашей последовательности:

....ucaguuaaugcaug...

• Первая aug встречается после ucaguua, то есть в позициях 7-9, что и есть старт кодона.

---

Итог:

• Последовательность тмРНК:
  5'-ucaguuaaugcauggaauuagcaaaug-3'

• Комплементарные участки / вторичная структура:
  Возможные стебельки образуются между участками, содержащими ucagu и caug, например, или внутри самой цепи. Точные зоны можно определить по парным базам, например, ucagu — caug и т.д.

• Стартовая кодирующая рамка:
  Начинается с первого aug, расположенного через 6-7 нуклеотидов (позиция 7-9 по цепи), что соответствует началу формирования полипептида.

• Последовательность полипептидов:
  После aug идут последующие кодоны, которые кодируют аминокислоты, образующие белок. Каждые три нуклеотида — это один кодон.

---

Если нужно более подробное описание или есть дополнительные вопросы — сообщайте!