Есть ли противоречие в словосочетании мертвые души?

Нет, не существует противоречия в словосочетании "мертвые души". Это фраза, использованная в заглавии романа Гоголя, чтобы символизировать бессмысленность и фиктивность общественных представлений о социальном статусе.