Как правильно «причинила неудобства»?

Кратко: да, фраза «причинила неудобства» может быть правильной, если подлежащее женского рода (она) или речь идёт о женском существительном. В других случаях формы будут другие (причинил, причинило).

Что может означать и как употреблять:

• Она причинила мне неудобство. — одна проблема/неудобство.
• Она причинила мне неудобства. — несколько проблем/неудобств (или в общем смысле).
• Это причинило мне неудобства. — нейтрально о каком-то факте.
• Она причинила много неудобств. — много разных неудобств.

Более формально (часто встречается в письмах):

• Приносим извинения за причиненные неудобства.
• Извините за причинённые неудобства.

Если нужно уточнить по времени/числу:

• муж. род: он причинил неудобство/он причинил мне неудобства
• ср. род: это причинило неудобство/это причинило мне неудобства
• мн. число: она причинила много неудобств (или причинила неудобств)

Если хотите, скажите контекст (деловое письмо, заявление, сообщение друзьям и т.д.) — подберу точную формулировку.