Кремль (1) самая древняя часть столицы России (2) расположенная на берегу Москвы-реки. Именно здесь (3) на Боровицком холме (4) ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий…

Вот корректная расстановка знаков препинания и сам текст:

Кремль — самая древняя часть столицы России, расположенная на берегу Москвы-реки. Именно здесь, на Боровицком холме, ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий основал усадьбу-крепость, впервые упомянутую в 1147 году. Примечательно, что стены и башни Кремля были воздвигнуты из красного кирпича на месте прежних белокаменных стен в конце XV века, а колокольня Ивана Великого — самое высокое здание на Руси тех времён.

Пояснение по правилам (пошагово):

1. Первая фраза: "Кремль — самая древняя часть столицы России, расположенная на берегу Москвы-реки."

• Дать смысловую связь между понятиями через тире: "Кремль" — это пояснение к "самая древняя часть".
• Придаточное определительное с participial: "расположенная на берегу Москвы-реки" является необязательным (не ограничивает смысл) определением к "часть" и отделяется запятой после словосочетания "России".

2. Вторая фраза: "Именно здесь, на Боровицком холме, ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий основал усадьбу-крепость, впервые упомянутую в 1147 году."

• "Именно здесь" — подчеркнутое указательное сочетание; после него ставятся запятые для выделения вставной части: ", на Боровицком холме,".
• "ещё в середине XII века..." — обычное обстоятельство времени, без запятой внутри.
• "усадьбу-крепость, впервые упомянутую в 1147 году" — приложение к существительному, отделяется запятой (причастие неограниченное).

3. Третья фраза: "Примечательно, что стены и башни Кремля были воздвигнуты из красного кирпича на месте прежних белокаменных стен в конце XV века, а колокольня Ивана Великого — самое высокое здание на Руси тех времён."

• "Примечательно, что ..." — вводное словосочетание: запятая после слова "Примечательно".
• "что стены и башни Кремля были..." — придаточное изъяснительное к словам "Примечательно, что".
• "на месте прежних белокаменных стен" — часть сказуемого, не отделяется запятой.
• "в конце XV века" — обстоятельство времени; не разделяется запятой.
• Соединение двух частей "..., а колокольня Ивана Великого — ...": ставится запятая перед союзом "а".
• "колокольня Ивана Великого — самое высокое здание ..." — приложение-уточнение к подлежащему "колокольня" оформлено с тире для выделения в составе именной части.

Если хочешь, могу привести альтернативные варианты пунктуации (например, с другими знаками препинания) и объяснить, как они влияют на смысл.