Коротко: запятые должны стоять на следующих позициях — 2, 3, 4, 5, 6, 8.
Пошаговый разбор:
Первый блок: «Кремль — самая древняя часть столицы России, расположенная на берегу Москвы-реки.»
- Здесь нужна запятая перед придаточным причастным оборотом «расположенная на берегу Москвы-реки» (относится к «самая древняя часть…»). Также между подлежащим и приложением ставится тире: «Кремль — …». Значит запятая именно на место 2.
Второй блок: «Именно здесь (3) на Боровицком холме (4) ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий основал…»
- Фраза «на Боровицком холме» сужает место действия и отделяется с двух сторон запятыми: «Именно здесь, на Боровицком холме, ещё…». Значит запятые на 3 и 4.
Придаточное определение к «усадьбу-крепость»: «… усадьбу-крепость (5) впервые упомянутую в 1147 году.»
- Это обособленный причастный оборот к существительному «усадьбу-крепость»: «… крепость, впервые упомянутую в 1147 году.» Значит запятая на 5.
Далее: «Примечательно (6) что стены и башни Кремля …»
- Вводное слово «Примечательно» отделяется запятой перед союзом «что»: «Примечательно, что …». Значит запятая на 6.
Последняя часть: «… из красного кирпича (7) на месте прежних белокаменных в конце XV века (8) а колокольня Ивана Великого (9) самое высокое здание…»
- Перед союзом «а» нужен запятая: «… в конце XV века, а колокольня …» Значит запятая на 8.
- Позицию (9) обычно сопровождает тире (для связи «Ивана Великого — самое высокое здание…»). Запятой здесь не нужно.
Итого запятые должны быть на позициях: 2, 3, 4, 5, 6, 8.
Пример корректного текста с учётом всех пунктуационных правил: Кремль — самая древняя часть столицы России, расположенная на берегу Москвы-реки. Именно здесь, на Боровицком холме, ещё в середине XII века князь Юрий Долгорукий основал свою усадьбу-крепость, впервые упомянутую в 1147 году. Примечательно, что стены и башни Кремля были воздвигнуты из красного кирпича на месте прежних белокаменных в конце XV века, а колокольня Ивана Великого — самое высокое здание на Руси тех времён.