Где стоит (ят) знак(и) препинания, разделяющий(ие) части сложносочиненного предложения? Внизу расстилаются тучные, (1) густо-зеленые цветущие луга, (2) а за ними, (3) по желтым…

Коротко: это длинное сложносочиненное предложение с двумя главными частями, между которыми стоит союз “а”, а дальше идёт часть со сказуемым “течет” и описанием реки. Ниже — пошаговое разбор и нормативная пунктуация.

1. Разбор частей

• Части сложносочиненного предложения:
  • Часть 1: Внизу расстилаются тучные, густо-зеленые цветущие луга
  • Часть 2: а за ними по желтым пескам течет светлая река
• Далее идёт часть со сказуемым, относящимся к реке:
  • Волнуемая легкими веслами рыбачьих лодок или шумящая под рулем грузных стругов
• Придаточное определительное к стругам:
  • которые плывут от плодоноснейших стран Российской империи и наделяют алчную ...

2. Где ставим знаки

• После первой части перед союзом "а" нужен запятой знак разделения главных частей: нужна запятая перед "а".
• Придаточная часть "по желтым пескам" — это обстоятельство места, тесно связано со сказуемым "течет". Оно не требует дополнительных запятых вокруг него (не выделяется как вставная конструкция). Поэтому запятые вокруг "по желтым пескам" не нужны.
• После слова "рeка" перед перечислением качеств/образа действия реки нужна запятая, чтобы выделить добавочную часть со сказуемым: "река, волнуемая ... или шумящая ...".
• Внутри этой части союз "или" соединяет две однородные части сказуемого (проводит две характеристики реки): запятая перед "или" не ставится, потому что здесь это одно целое перечисление две формы характеристики одной реки. Но важно, чтобы вся эта договорная часть была отделена запятой от основной части: "река, волнуемая ... или шумящая ...,".
• Придаточное определительное к словам "стругов" вводится союзом "которые" и отделяется запятой от предыдущего оборота: запятая перед "которые".

3. Нормативная пунктуация (с учетом того, что предложение заканчивается на обороте, и смысл не требует дополнительных знаков препинания) Правильно: Внизу расстилаются тучные, густо-зеленые цветущие луга, а за ними по желтым пескам течет светлая река, волнуемая легкими веслами рыбачьих лодок или шумящая под рулем грузных стругов, которые плывут от плодоноснейших стран Российской империи и наделяют алчную ...

4. Пояснения к пунктуации по пунктам (ответ на вопросы по исходным вставкам)

• (1) густо-зеленые — это однородные определения к существительному луга; между ними запятая ставится, потому что они однородные.
• (2) а за ними — запятой перед союзом "а" отделяется вторая часть сложносочиненного предложения. Так и нужно.
• (3) по желтым пескам — это обычное обстоятельство места, тесно присоединенное к сказуемому "течет"; запятые вокруг него не требуются.
• (4) течет светлая река — здесь начало второй части и основное сказуемое второй части; после него начинается описание через придаточное со сказуемым "волнуемая/шумящая" и далее общая часть.
• (5) волнуемая... или шумящая — это часть составного сказуемого/описательная часть к слову "река"; запятая непосредственно перед "или" не нужна, потому что это единое соединение внутри одного оборота. Запятая ставится после слова "река" для отделения этого descriptive оборота.
• (6) которые — придаточное определительное к слову "стругов" и отделяется запятой.

Если хочешь, могу привести альтернативные варианты пунктуации (например, если автором предполагается особая интонационная пауза или вставка), но выше приведён нормативный вариант, который соответствует правилам русской орфографии и синтаксиса для такого типа предложения.