Почему водой и водою-оба в творительном падеже

Кратко: "водой" и "водою" — это две допустимые формы творительного падежа единственного числа слова "вода". Разницы в значении нет; это стилистические варианты, различающиеся по нюансам стиля и произнесения.

Как это устроено на языке

• Существительное: вода (женский род, 1-е склонение).
• Творительный падеж единственного числа образуется обычно так: основа + суффикс (-ой или -ою). У слова “вода” в творительном падеже есть две нормальные формы:
  • водой = вод-ой
  • водою = вод-ою
• Оба варианта встречаются в современном языке и оба считаются нормативами. Выбор формы не меняет грамматику и не влияет на смысл.

Почему так получилось

• Это частая вещь в русском языке: у ряда слов женского рода, оканчивающихся на -а, существуют две допустимые формы творительного падежа с разными окончаниями (-ой и -ою). Исторически это объясняется разными путями звучания и эволюцией ударения, и обе формы сохранились в современном языке.
• В речи они близки по значению и различаются в основном стилистически: одна форма может звучать нейтрально и повседневно, другая — более книжной/поэтической или устаревшей.

Когда какую форму предпочитать

• В повседневной нейтральной прозе чаще встречается форма -ой: водой.
  • Пример: Пей водой.
• Форма -ою встречается реже и чаще звучит в поэзии, старой литературе, церковной или очень торжественной стилистике, а также в некоторых устойчивых выражениях.
  • Пример (реже): водою (в более архаичном или торжественном контексте). В современном разговорном стиле её чаще избегают, если цель — естественность и простота.

Дополнительные примеры и заметки

• Грамматика слова “вода”: imenitelnoe падежи: вода — воды — воде — воду — водой/водою — воде.
• При соединении с прилагательными суффикс и падеж не меняют принципа: можно встретить как «чистой водой», так и «чистой водою» — обе формы допустимы, выбор зависит от желаемого стилистического оттенка.
• В большинстве учебных и справочных материалов ударение в творительном падеже остаётся на втором слоге: вод-О-й или вод-о-ю (зависит от варианта).

Если хочешь, могу привести более примеров предложений с обеими формами или сделать мини-упражнение: замени форму вод-ой на водою там, где это уместно, и наоборот.