почему представители дворянских родов считали Екатерину человеком низкого происхождения

Потому что Екатерина родилась в немецком знатном, но иностранном роде (Anhalt‑Zerbst) и не принадлежала к российскому дворянству до брака — для части дворянства она считалась иностранкой и «низкого» происхождения.