Нет. В этих предложениях слово кислород имеет разные смысловые оттенки.
Разбор:
В первом предложении: «Рыбы дышат кислородом, растворенным в воде.» Здесь речь идёт о растворённом кислороде как о веществе/виде кислорода, который существует в воде в виде молекул O2 (растворённый кислород, O2(aq)). То есть идёт указание на газообразный кислород в растворённой форме, используемый организмами для дыхания.
Во втором предложении: «Молекула воды содержит кислород.» Здесь речь идёт о составе молекулы воды H2O: в ней присутствует атом кислорода (O). Здесь «кислород» обозначает элемент/атом внутри молекулы, а не молекулу O2.
Ключевая мысль: кислород — многозначное слово. В первом случае подразумевается диатомический газовый кислород (O2), во втором — элементарный кислородный атом, входящий в состав молекулы воды. Чтобы избежать двусмысленности, можно было бы явно указать «растворённый кислород (O2)» и «атом кислорода в воде».