Верные позиции запятых: 1, 2, 4, 7, 8, 9.
Пояснения по пунктам:
- 1 и 2: оборот при пруду с уточняющим придаточным предложением/определением: пруд, возле которого Наталья назначила свидание Рудину, — т. е. нужен оборот внутри двух запятых.
- 4: соединение двух частей сложного предложения: "его прорвало, и с тех пор его забросили."
- 7 и 8: оборот с причастием "некогда затянутому жирным илом" относится к слову "дну оврага" и обособляется запятыми: "дну оврага, некогда затянутому жирным илом,".
- 9: придаточное предложение изъяснительное после слова "догадаться": "догадаться, что здесь был пруд."
Полностью punctuated текст: Авдюхин пруд, возле которого Наталья назначила свидание Рудину, давно перестал быть прудом. Лет тридцать тому назад его прорвало, и с тех пор его забросили. Только по ровному и плоскому дну оврага, некогда затянутому жирным илом, да по остаткам плотины можно было догадаться, что здесь был пруд.