Разберём каждое предложение и выделим правило постановки запятой.
(1) Московский государственный университет, или МГУ, был основан... Правило: обособление вставной части, здесь пояснение через конструкцию "или МГУ" — запятые выделяют вставку. Это другой тип обособления, не по той же самой схеме, что и в остальных примерах.
(2) Правда, в официальных документах, представленных в Сенат, и в речах, произнесённых на открытии университета, имя второго инициатора не было даже упомянуто. Правило: обособление вводного слова "Правда" и обособление оборотов с причастиями ("представленных в Сенат", "произнесённых на открытии университета").
(3) Но историческая справедливость была восстановлена, и с 1940 года университет стал носить имя Михаила Васильевича Ломоносова. Правило: запятая перед союзом между двумя простыми предложениями (сложносочинённое предложение).
(4) МГУ — один из старейших и крупнейших российских университетов, в состав которого входит 15 НИИ, 7 филиалов, около 300 кафедр, 43 факультета. Правило: обособленное определительное придаточное (или часть сложного предложения) внутри сложного предложения; внутри — перечисление. Другой характер, чем в (3) и (5).
(5) В распоряжении МГУ находится более 600 строений, но «сердце» расположено в одной из семи сталинских высоток на Воробьёвых горах. Правило: запятая перед союзом "но" между двумя простыми предложениями (сложносочинённое предложение).
(6) Это здание в 240 метров является самым высоким среди «семи сестёр» и до 1990-х годов оставалось самым высоким зданием в Европе. Правило: нет запятой между частями сказуемого, т.е. два сказуемых с общим подлежащим соединены союзом "и" без запятой.
Вывод: предложения 3 и 5 используют одну и ту же пунктуационную конструкцию — запятая перед сочинительным союзом между двумя простыми предложениями (сложносочинённое предложение).
Ответ: 3 и 5.