Краткий ответ: предложения одинаковы по словам, но различны по смыслу из-за выделения голосом разных слов.
Вопросу «Да, зимой» соответствует предложение:
Зимой вылупляются клесты?
Главные члены: клесты — подлежащее, вылупляются — сказуемое.
Полный ответ с порядком «подлежащее → сказуемое → второстепенный член»:
Клесты вылупляются зимой.
Почему смысл различается:
- Зимой вылупляются клесты? — спрашивают: когда?
- Зимой вылупляются клесты? — спрашивают, вылупляются ли они вообще.
- Зимой вылупляются клесты? — спрашивают, клесты ли это.
Проверка: на вопрос «когда?» отвечаем словом зимой.