Где здесь грамматическая основа?по колено в листьях деревья стоят.

Грамматическая основа в данном предложении находится в слове "стоят", которое является глаголом. В остальной части предложения присутствуют наречие "по" и существительные "колено", "листья" и "деревья", которые служат дополнениями к глаголу "стоят".