Как правильно в родительном падеже Кравченко Наталия Ивановна

Краткий ответ:
родительный падеж — Кравченко Наталии Ивановны.

Пример: заявление Кравченко Наталии Ивановны.

Почему так:

1. Фамилия Кравченко оканчивается на -ко. Такие фамилии в официальной русской речи не склоняются:
   нет кого? — Кравченко.

2. Имя Наталия оканчивается на -ия. В родительном падеже меняется на -ии:
   Наталия → Наталии.
   Не путать: если имя Наталья, то будет Натальи.

3. Отчество Ивановна склоняется как обычное слово:
   Ивановна → Ивановны.

Проверка:
нет кого? — Кравченко Наталии Ивановны. Всё верно.