Не три руками глаза на грядках выросло три тыквы

Кратко: в этой фразе слово «три» встречается дважды и является разными частями речи.

• Не три руками глаза — здесь «три» это глагол (повелительное наклонение от глагола «тереть»). Проверяем: что делай? — не три; можно заменить на «не натирай».
• Три тыквы — здесь «три» это имя числительное (количественное). Проверяем: сколько тыкв? — три.

Проверка: первое «три» обозначает действие, второе — количество предметов. Поэтому одинаковое написание не значит одинаковую часть речи.