По данным современной науки, в течение эволюции эукариотические клетки получили гены от множества различных источников, включая другие прокариоты и археи через процессы, такие как вертикальное генетическое перенос и горизонтальный генный перенос (ГГТ). Горизонтальный генный перенос, в частности, позволил клеткам получать и инкорпорировать генетический материал от дистантно родственных организмов.
Теория эндосимбиоза предполагает, что митохондрии и пластиды (включая хлоропласты в растениях) произошли от древних симбиотических бактерий. В случае митохондрий в эукариотические клетки были симбиотически поглощены альфа-протеобактерии; для хлоропластов — цианобактерии. В результате симбиоза часть генов этих бактерий была передана в ядро хозяина и интегрировалась в его геном, что со временем усилило координацию между оригинальными бактериями и хозяйской клеткой.
Горизонтальный генный перенос также привел к тому, что эукариоты получили генетический материал от разнообразных источников, включая другие эукариоты, бактерии и даже вирусы. Этот процесс позволил организмам быстро адаптироваться к новым условиям и приобрести новые функции.
Оценивать, от какой группы микроорганизмов эукариоты получили "больше всего" генов, достаточно сложно, поскольку это зависит от конкретного эукариотического организма или клеточного компонента, который мы рассматриваем. Например, митохондриальный геном во многих эукариотических клетках представляет собой относительно небольшую часть всего генома, но он имеет критическое значение для энергетического обмена и содержит гены, полученные от протеобактерий. Между тем, геном ядра эукариотической клетки включает генетический материал от многих донорских линий за счет более разностороннего горизонтального генного переноса.
