Всегда, когда она была близко к нему, он чувствовал, что может сказать или сделать нечто необыкновенное, может быть, страшное, и даже в этот час боялся, что помимо воли своей скажет что-то. На месте каких цифр должны стоять запятые, разделяющие предложения, соединённые союзной подчинительной связью?

Для разделения предложений, соединенных союзной подчинительной связью, запятые ставятся перед союзами, такими как "что", "как", "где", "когда", "если" и т.д. В данном случае, запятые должны стоять после слов "когда" и "что":

Всегда, когда она была близко к нему, он чувствовал, что может сказать или сделать нечто необыкновенное, может быть, страшное, и даже в этот час боялся, что помимо воли своей скажет что-то.