В сложном предложении, связанным подчинительной связью, запятые ставятся между его частями для обозначения необходимых пауз и выделения этих частей для лучшего понимания структуры предложения.
В данном случае, в предложении "Сколько ни углублялся я в каменные коридоры...", запятая должна быть поставлена после слов "пу- сты" и "заперты", таким образом выделяя эти части предложения и помогая читателю лучше ориентироваться в его структуре:
"Сколько ни углублялся я в каменные коридоры, (1) они были пу- сты, (2) магазины заперты, (3) и только пунктиры загоравшихся фонарей сопровождали мои шаги в быстро лиловевших сумерках."
Таким образом, запятая должна быть поставлена после слов "пу- сты" и "заперты" для правильного оформления данного сложного предложения.