Чтобы рассчитать расстояние между последовательностями ITS ДНК для каждого растения, вам нужно сравнить каждую из них и подсчитать количество замен нуклеотидов. Мы рассмотрим ваши последовательности и посчитаем расстояние между ними в условных единицах (у.е.).
- Роза (Rosa sp.): GAAUUCCUAGUAAGCG
- Спирея (Spiraea sp.): CCCUUGGGAGGGGAAC
- Слива (Prunus sp.): GCCCUUGGGAGGGGAA
- Яблоня (Malus sp.): GCCCUUGGGGGGGGAA
Теперь мы будем сравнивать последовательности попарно:
- Роза (1) и Спирея (2): Разные по 13 нуклеотидам.
- Роза (1) и Слива (3): Разные по 12 нуклеотидам.
- Роза (1) и Яблоня (4): Разные по 12 нуклеотидам.
- Спирея (2) и Слива (3): Разные по 9 нуклеотидам.
- Спирея (2) и Яблоня (4): Разные по 10 нуклеотидам.
- Слива (3) и Яблоня (4): Разные по 1 нуклеотиду.
Теперь, подводя итоги, получим следующие расстояния:
- Дистанция (Роза, Спирея) = 13 у.е.
- Дистанция (Роза, Слива) = 12 у.е.
- Дистанция (Роза, Яблоня) = 12 у.е.
- Дистанция (Спирея, Слива) = 9 у.е.
- Дистанция (Спирея, Яблоня) = 10 у.е.
- Дистанция (Слива, Яблоня) = 1 у.е.
Теперь, основываясь на этих дистанциях, вы можете построить филогенетическое дерево. В листьях дерева будет:
- Роза (1)
- Спирея (2)
- Слива (3)
- Яблоня (4)
Чтобы закончить построение дерева, обычно используются алгоритмы (такие как метод минимальных расстояний или алгоритм УPGMA), чтобы определить, как лучше разместить группы на основании расстояний. Результаты вероятно будут таковы (нумерации по порядку 1-4 отчётность по расстояниям):
┌── Роза (1)
┌────┤
│ └── Спирея (2)
────┤
│ ┌── Яблоня (4)
└────┤
└── Слива (3)
Выберите дальнейшие шаги для более детального расположения таксонов в зависимости от требуемого формата вашего задания.
